El departamento del Tolima cuenta con una de las riquezas hídricas más importantes del territorio como lo es el río magdalena, quien atraviesa de sur a norte el departamento contando con uno de los mayores afluentes como lo es el río Saldaña, con una área de influencia de 9.800 km2, equivalentes al 41,5% del área departamental, es uno de los ríos con mayor caudal que alimentan al municipio Purificación.
Gracias a estas riquezas hídricas el municipio de Purificación ha logrado desempeñarse con mayor facilidad en áreas de producción agropecuaria. Cuenta con gran diversidad de flora y fauna y una red hidrográfica lo suficientemente extensa para abastecer al casco urbano, rural y grandes hectáreas de cultivos.
Entre sus fuentes hidrográficas existen las quebradas del río magdalena como: Abejas, Zanja Honda, Damas, El Consuelo, Santa Lucía, Chenche, Guarapo, Madroño, la Balsa, la Miel, Madroñal. En el río Saldaña quebradas como: La Herradura, El Tigre, Corinto, la pita, Cáceres, el Presidio, El coco, Trepadera, San Juanito, Guayacán. Otros ríos como el Cunday, Chenche, río Negro también bañan la superficie del municipio.
